胚胎移植后孕囊偏小可能会出现胎停的情况。但大多数情况下，如果胚胎质量较好，则不会出现这种情况。

1.会出现：若进行胚胎移植时，选择的时机不佳或者自身存在染色体异常等问题，此时即使成功着床也会导致胎儿畸形或生长发育迟缓等情况发生。同时，在怀孕早期孕妇体内的人绒毛膜促性腺激素水平较低，而孕囊大小通常与该指标成正比关系。因此，当人绒毛膜促性腺激素偏低时就会引起上述情况的发生。

2.不会出现：若患者在医生指导下规范使用黄体支持药物，并且胚胎本身质量比较好，没有受到外界因素的影响，则有可能会导致孕囊偏小的现象，但是并不会影响到胎儿的正常生长和发育，所以不需要过于担心。

建议女性在做完胚胎移植以后要注意卧床休息，避免过度劳累，同时还要注意饮食健康，多吃一些富含雌激素的食物，比如豆浆、蜂王浆等，能够促进子宫内膜增长，有利于受精卵着床。另外还要定期去医院做产检，了解胎儿的生长发育情况。